Данас је Музеј јавна установа са седам организационих јединица:
- Одјељење за материјалну културу:
– Oдсјек за археологију
– Oдсјек за историју
– Oдсјек за етнологију и етнографију
– Oдсјек за историју умјетности
– Природњачки одсјек
- Одјељење за нематеријалну културу
- Одјељење за документацију и дигитализацију
- Одјељење за конзервацију и рестаурацију:
– Атеље за конзервацију и рестаурацију сликарских дјела
– Атеље за конзервацију и рестаурацију текстила и коже
– Атеље за конзервацију и рестаурацију метала
– Атеље за конзервацију и рестаурацију камена, керамике, порцулана и стакла
– Атеље за конзервацију и рестаурацију дрвета
– Радионица ЗОО препаратора
- Одјељење за образовно-педагошки рад, комуникације и односе с јавношћу
- Одјељење за библиотечку и издавачку дјелатност
- Одјељење за заједничке послове.
У ових седам организационих јединица запослено је укупно 42 радникa. Музеј располаже богатим фондом који има укупно 106.364 музејских предмета, те библиотечким фондом од око 14.300 књига. Музеј данас посјетиоцима нуди преуређену богату сталну поставку која посјетиоце упознаје са раздобљем од далеке прошлости до завршетка Другог свјетског рата.